Botoks esas olarak ciltte kırışık azaltmak amacıyla çok yaygın kullanılmaktadır ve tehlikeli bir yan etkisi bilinmemektedir. Mide botoks uygulaması ise standart bir endoskopik işlem olduğundan literatürde bildirilmiş önemli bir yan etkisi bulunmamaktadır. Hastalarda geçici bir bulantı ve hafif bir tansiyon düşüklüğü görülebilir. Kas hastalığı olanlar ve botoksa karşı alerjisi olan kişilerde işlemin uygulanması uygun değildir.